Der Hallescher FC hieß bis zum Jahr 1991 Hallescher FC Chemie und wurde am 26. Januar 1966 durch eine Ausgliederung der Fußballabteilung aus dem SC Chemie Halle gegründet. Stand November 2017 zählt der Verein 1.582 Mitglieder.

Von 1965 bis 1984, mit einer Saison Unterbrechung, sowie von 1987 bis 1991 spielte der Hallescher FC Chemie in der DDR-Oberliga, der damals höchsten Klasse in der DDR. In der Saison 1970/71 feierte der Hallescher FC Chemie seinen größten Erfolg. Man beendete die Saison auf dem 3. Tabellenplatz, hinter Dynamo Dresden und Carl-Zeiss Jena und erreichte dadurch die Qualifikation für den UEFA-Pokal.

Zu Zeiten der DDR gehörte das Stadion des Hallescher FC Chemie zu den vollsten im Land. Anfang der 80er betrug der Zuschauerschnitt im Kurt-Wabbel-Stadion 18.000 Zuschauer pro Partie. Nur Dresden konnte zu dieser Zeit mehr Zuschauer vorweisen. Doch gab es auch reichlich negative Szenen im Stadion. Nach der Wiedervereinigung gab es häufig randalierende Zuschauer und Feuerwerkskörper die zu Spielunterbrechungen und dadurch zu negativen Schlagzeilen in den Zeitungen sorgten. 2006 kam es zu einem negativen Höhepunkt, als im Spiel gegen Sachsen Leipzig der Gäste Spieler Adebowale Ogungbure aus Nigeria während des gesamten Spieles ununterbrochen rassistisch beleidigt und sogar tätlich angegriffen wurde.

Zu dieser Zeit waren die glanzvollen Zeiten des Vereins jedoch schon Geschichte. Nach einer langen Durststrecke, erhoffte man sich Ende der 80er wieder an alte erfolgreiche Zeiten anschließen zu können. Doch dieses Ziel konnte nicht erreicht werden. Anfang der 90er kam es zur Wiedervereinigung des geteilten Deutschlands. Ein bekannter Spieler der damals in Diensten von Hallescher FC Chemie stand war Dariusz Wosz. Der von der Stasi überwachte Spieler hatte auch großen Anteil an der Qualifikation für die 2. Bundesliga. Ein 150 Seiten langer Bericht wurde vom Geheimdienst der DDR über die „Zaubermaus“, Wosz Spitznamen verfasst.

Seit 1991 verzichtete der Hallescher FC auf den Zusatz „Chemie“ im Vereinsnamen. Doch die Freude über den Erfolg hielt nicht lange. Nach einem gelungenen Saisonstart gegen Rot-Weiß Erfurt und VfB Leipzig rutsche man in den Tabellenkeller und konnte den Abstieg nicht verhindern. Viele verbinden noch heute den Abstieg mit Dariusz Wosz, der in der Winterpause zum VfL Bochum wechselte, bei denen er bereits 1990 einen Vorvertrag unterzeichnet hatte. Und der Absturz ging weiter. Bis zum Jahr 1994 stieg der Hallescher FC bis in die vierte Liga ab. Die finanzielle und auch sportliche Existenz stand in diesen Jahren öfters auf der Kippe. 1994 liefen dem Hallescher FC dann noch die Spieler davon. In diesem Jahr hatten 28 Spieler den Verein verlassen. Man ging mit einer mehr oder weniger verstärkten A-Jugend in die Saison und stieg in die fünftklassige Verbandsliga ab.

Auch war man mittlerweile nicht mehr die Nummer 1 in der Stadt und wurde vom VfL Halle überholt. Doch der Verein konnte diese überaus harten und existenzbedrohenden Jahre überstehen und einen weiteren Absturz vermeiden. Bis im Jahr 2000 kämpfte man sich zurück in die vierte Liga, der Südstaffel der Oberliga Nordost. 2008 wurde das Ligasystem neu eingeteilt und der Hallescher FC konnte sich für die Regionalliga Nord qualifizieren. Direkt im ersten Jahr erreichte man den 2. Platz und verpasste den Aufstieg in die 3. Liga erdenklich knapp.

In der Saison 2011/12 war es dann aber letztlich soweit. Mit einem 0:0 gegen RB Leipzig stieg man in die 3. Liga auf. Seither ist man in der 3. Liga etabliert. In der laufenden Saison 2017/18 befindet man sich nach dem 33. Spieltag mit 43 Punkten auf dem 11. Tabellenplatz. Mit dem Abstieg dürfte man nichts zu tun haben, der Vorsprung auf den Relegationsplatz beträgt aktuell 14 Punkte.